La casa está estructurada en dos niveles en torno a dos patios abiertos y salas donde se puede recorrer exposiciones.

En este inmueble también se encuentra la Biblioteca y Archivo 'Pablo Blanco Acevedo' y la colección de manuscritos del Museo Histórico Nacional. Estos materiales comenzaron a adquirirse mediante donaciones y compra a partir de la década de 1940 con el fin de diversificar el acervo y ampliar los objetivos como institución cultural, educativa y de investigación. 

 

Esta casa fue construida en torno a 1783 a encargo del comerciante portugués Manuel Cipriano de Mello y Mencía como establecimiento comercial y casa habitación. Al día de hoy es una de las viviendas coloniales más antiguas que se conservan con su estructura original en Montevideo. En su interior mantiene carpinterías, rejas, pisos y revestimientos originales. En agosto de 1830 Juan Antonio Lavalleja- Gobernador Provisorio del Estado Oriental en ese momento-, adquirió la casa donde residió con su esposa Ana Monterroso y sus hijos.

Como consecuencia  del  legado  testamentario  de Amacilia Landívar Lavalleja, el Museo Histórico Nacional tomó posesión de esta casa en agosto de 1940. Un mes antes la institución había recibido la colección del médico Roberto Jorge Bouton (1877-1940) por parte de su viuda Gabriela Trouy.

Al año siguiente se creó  un  comisión honoraria  para restaurar  la  Casa  Lavalleja,  integrada por Ernesto Pivel Devoto -director del museo- y los arquitectos Alfredo R. Campos y Francisco Lasala. 

Estas tareas se enmarcaron en la reestructura del Museo Histórico Nacional luego de la asunción de Pivel Devoto en 1940. Uno de los cambios más importantes fue la mudanza de su antigua sede de la calle Minas y Colonia a Casa Rivera y Casa Lavalleja. 

Ya entrado el siglo XX, en diciembre de 2016 la Casa Lavalleja reabrió sus puertas luego de una serie de trabajos de recuperación edilicia.